Добрый день!
Файл /var/run/php5-fpm.sock не является обычным файлом - это сокет (linux socket - специальный объект в файловой системе, создаваемый для обмена данными между приложениями).
Сокет /var/run/php5-fpm.sock появится как только вы пропишите его в конфиге php-fpm:
listen = /var/run/php5-fpm.sock
И запустите сервис php-fpm:
service php-fpm start
Если вы остановите сервис php-fpm, то и php5-fpm.sock будет удален, но появится новый при новом запуске сервиса.
Этот файл нужен для того, чтобы другие приложения (например nginx) могли обмениваться данными с php-fpm.