Здравствуйте! Как я понимаю, вы используете Bluetooth адаптер, описанный в этой статье. Самый простой способ убедиться, что проблема именно в кабеле, который вы прокладывали до магнитолы - подключить телефон к AUX-входу обычным аудиокабелем, в обход адаптера. Скорее всего, вы услышите те же самые хрипы.
Соответственно, для устранения причины хрипов, нужно будет заново разбирать магнитолу и проверять провода и соединения.
Попробуйте этот вариант и напишите нам в комментариях к этому вопросу результат.