Здравствуйте! Довольно странная ситуация - при синхронизации с облачным хранилищем не должны затрагиваться оригинальные данные.
Создавали ли вы ранее резервные копии? Это можно проверить в настройках Mi Cloud. Если да, то если копия не очень старая, можно попробовать восстановиться из нее.
Рекомендуем вам также ознакомиться со статьей «Как восстановить удаленные СМС на Android». Возможно, при помощи нее вы сможете восстановить потерянные СМС-сообщения.