Добрый день!

Не волнуйтесь, на АлиЭкспресс защита покупателя выстроена неплохо и при грамотных действиях деньги Вы не потеряете.

Вы проверяли IMEI и SN через инженерное меню? Запустите все таки AnTuTu, это займет не более 5 минут. Если показатели похожи на Вашу модель, то телефон скорее всего не поддельный. Если в телефоне уже стоит AnTuTu, удалите его и поставьте новый из Google Play. Некоторые китайцы ставят специальное фальшивое приложение, которое показывает то, что нужно.

Кроме этого, Вы написали что показывает проверка одного из IMEI, но не указали был он на коробке или в самом телефоне. Проверьте тот, который Вы еще не проверяли, что покажет он? 

Далее я вижу 3 варианта:

1. Если модель телефона соответствует заявленной и Вы готовы оставить его себе (использовать, подарить, продать на Авито), то открывайте спор, укажите что телефон пришел не новый, без заводской упаковки и с повреждениями. Укажите для начала возврат 2/3 от стоимости. Приложите максимальные доказательства (фото и видео). Конечно, 2/3 от стоимости вернуть маловероятно, продавец будет торговаться, но половину или чуть меньше вернуть вполне реально.
2. Если модель телефона соответствует заявленной, но он Вам не нужен. Открывайте спор, укажите возврат полной стоимости и готовность отправить товар обратно, приложите все доказательства. В этом случае Вы вернете все деньги, но через 1-2 месяца и потратите около 500 рублей на пересылку товара обратно в Китай.
3. Если модель не соответствует заявленной или Вы готовы рискнуть. Открывайте спор, укажите полный возврат средств и укажите причину - контрафактный товар. Укажите, что не хотите отправлять товар обратно и поясните, что по законам РФ пересылка контрафактных товаров запрещена. При таком варианте Вы быстро получите свои деньги и оставите телефон себе, но! Доказательства должны быть очень убедительными и полными. Проверьте второй IMEI, возможно он не будет пробиваться сайтом Xiaomi. Все подробно сфотографируйте и опишите.

Пожалуйста держите меня в курсе событий, я постараюсь помочь. Пишите в комментариях к этому ответу, я буду по возможности быстро отвечать.