В первую очередь вам нужно убедиться, что действительно оплачивается одна и та же услуга. Для этого откройте вкладку "Подписка" в настройках Яндекс Музыки и посмотрите на списания в "Истории платежей". Что у вас там?

Если действительно оплата списывается 2 раза, вам нужно обратиться в техническую поддержку Яндекса. Подробно о том, как это сделать и какие данные нужно предоставить вы сможете прочитать здесь.

Напишите в комментариях, получилось ли в результате решить проблему.