Добрый день!

Файл /var/run/php5-fpm.sock не является обычным файлом - это сокет (linux socket - специальный объект в файловой системе, создаваемый для обмена данными между приложениями).

Сокет  /var/run/php5-fpm.sock появится как только вы пропишите его в конфиге php-fpm:

listen = /var/run/php5-fpm.sock

И запустите сервис php-fpm:

service php-fpm start 

adadadЕсли вы остановите сервис php-fpm, то и php5-fpm.sock будет удален, но появится новый при новом запуске сервиса. 

Этот файл нужен для того, чтобы другие приложения (например nginx) могли обмениваться данными с php-fpm.